Kabuto Yakushi (薬師カブト, Yakushi Kabuto) es uno de los antagonistas de la serie y fue el ex-médico personal, mano derecha y asistente de Orochimaru. Si bien apareció en la historia como un subordinado encubierto de Orochimaru, actualmente es un antagonista principal, específicamente para la denominada Armada Shinobi, luego de aliarse con Tobi.